在农药登记领域，QSAR主要用于原药等同性评估（Technical Equivalence），也即TE评估。TE评估主要是确定不同来源的原药在化学组成上的相似性。TE评估有两个重点：首先要满足如果新来源活性成分含量要不低于参考来源（既要保证农药的效果），接下来在满足上述条件的基础上，要保证杂质的毒性不高于参考来源。如果新来源的原药与参照原药的危害性等同或更安全，则可以认为新来源的原药与参照原药等同。

TE评估通常分阶段进行，第一阶段为产品化学资料认定，主要包括原药的生产工艺、产品化学、原药以及杂质的质量分析。若出现新的杂质或杂质含量增加等情况，则第一阶段认定不等同，需要进入第二阶段，即毒理与生态环境资料认定。

农药原药在生产过程中会出现杂质，若根据杂质的含量和类型等无法判定是否为毒理学相关杂质时，需要进行毒理学资料和环境毒理资料的认定。杂质往往都是新物质，毒理相关数据较少，无法确定毒性风险。另外，这些杂质还往往含量较低且不易于获取，从而难以开展测试。在农药杂质的毒理认定中，欧盟、墨西哥、巴西等很多国家和地区都建议采用QSAR预测的方式获取数据进行杂质毒性评估。